Jäppilän koulu tekee yhteistyötä useiden paikallisten yritysten, yhteisöjen ja järjestöjen kanssa sekä kahden  muun kyläkoulun kanssa.

Tärkeimpiä yhteistyökumppaneita ovat Seutuopisto,  Jäppilän kirjasto, Pieksämäen seurakunta, Jäppilän Urheilijat, Jäppilän Kylät ry, Jäppilän Yrittäjät, 4H, Jäppilän Käsityön Ystävät, Jäppilän VPK, Jäppilän Lionsklubi, Jäppilän Rotaryklubi, paikalliset metsästys- ja kalastusseurat sekä paikalliset kauppa- ja yritysliikkeet.

Koulu tekee yhteistyötä Pieksämäen kaupungin kahden  muun kyläkoulun Vehmaskylän ja Virtasalmen  kanssa.